科技文献检索、中国生物学教育期刊和计算机网络上的生物学资源 ——理念、现状与展望

张 原 北京师范大学生命科学学院生物学专业97级本科生 100875, E-mail: bioedu@263.net


科技文献检索的意义和作用

中国的生物学教育期刊的基本情况

中国计算机网络上的生物学资源

附:CSTNet上科学数据库中的生物学信息资源

I.科技文献检索的意义和作用

A.科技文献的概念

  凡是用文字、图形、符号、声像等手段记录下来的科技活动或科技知识,统称为科技文献。它不仅指信息,同时还包括其载体。由于科技文献是科技活动的忠实记录,因此,当代科技的主要特点,如高速度、高集成度、大规模、边缘学科、交叉学科、横断学科层出不穷,新陈代谢迅速,新的成果从出现到应用的时间间隔越来越短等等,无不对记录和传播科技信息或知识的科技文献产生巨大的影响。这些影响和作用构成了现代科技文献的下列特点:
  1.数量急剧增长;
  2.内容交叉重复;
  3.文献出版分散;
  4.文献失效加快;
  5.文献类型增多;
  6.文献语种增多。
   正是基于现代科技文献的上述特点,文献检索技能将称为科研人员必备的基本技能,而科技文献检索的意义也正在不断凸现出来。

B.科技文献检索的意义

  科技文献量和紊乱程度不仅受到科技迅猛发展的强大推动而且科技文献各个特点之间还相互影响、相互作用,使得情报危机更加严重。大量的科学数据来不及处理、大量的文献连存放的地方都成问题。科技人员的专业面越来越狭窄,无力应付科技信息的滚滚洪流,在浩瀚的文献海洋中查找有用的文献十分困难——这样,就产生了信息危机。因此,文献信息检索是科技研究中决不能缺少的一项工作,一项科研课题无论是在立题之前,或是在研究过程中,甚至在研究完成后的成果的评价方面,都离不开查阅有关的文献资料。据统计,科研人员大约花全部工作时间的40查阅文献,如果没有掌握科学的检索方法,则此时间还会加长。由此可见科技文献检索在现代科技研究中的重要意义。

C.科技情报

  情报可以定义为:针对特定目的、特定对象、特定时间所提供或寻找的能起借鉴和参考作用的信息或知识。情报是人的情报活动的目标和产物,具有四个基本特征:需要性、传递性、价值性、时效性。信息和知识之间的相互转化必然经过人的情报活动。获取科技情报的途径有多种,而科技期刊以其独有的某些特点而成为科技情报的重要来源之一。

D.科技期刊的基本特点

  科技期刊属于周期性出版物、具有品种多、数量大、报道速度快、内容新颖,能及时反映当前科技水平等特点。科技期刊是一次文献(Primary Document),是人们传递科技信息、交流学术思想所使用的最基本、最广泛的手段,也是科技文献检索的重点。 连续性和周期性、以及报道专题的多样化是期刊最显著的特征。期刊(journal)和杂志(magazine)这两个不同的说法一个强调前者、一个强调后者,但却是一枚硬币的正反面。期刊的文献特征是: 1.刊名和编辑单位一般持续不变; 2.定期地连续出版,并且多数为月刊; 3.有连续性编号,如年、卷和期号; 4.一般不再版、也不重印。 常见的出版周期有周刊(weekly)、月刊(monthly)、双月刊(biomonthly)、季刊(quarterly)、年刊(annuals)等。 另外,期刊还有级别,这是根据其学术水平和编辑部资格等标准综合评定的,分为市级、省级、国家级、国际等级别。以通报(Bulletin)、学报(Acta)为名称的期刊大多数是由大学或学术团体出版的,学术水平较高。

II.中国的生物学教育期刊的基本情况

期刊
主办单位
编辑
主编
创刊时间
周期
定价
生物学通报

中国动物学会、中国植物学会、北京师范大学 《生物学通报》编委会
北京师范大学 《生物学通报》编委会、编辑部
郑光美
1952年7月
月刊
¥3.70
生物学教学

中国动物学会、中国植物学会、生物学教学 华东师范大学 《生物学教学》编委会
生物学教学 华东师范大学 《生物学教学》编委会、编辑部
马炜梁
1958年
月刊
¥3.70


由上表可以看出,目前中国的专业化生物学教育期刊仅有两种,大量具有教学参考价值的论文散见于各类生物学期刊,这一现状就决定了我们检索文献势必采取广种薄收的方法,此时,迅速、准确、方便、快捷、低成本、高效率的获取所需的文献信息,将成为我们的首要目的。幸运的是,计算机检索和网络检索业已在我国得到了初步的普及和应用,在未来或许只有机检和网检才能够适时地满足我们的需要。

III.中国计算机网络上的生物学资源

A.现状

  Internet的普及和应用大大推动了全球数字化进程。据统计,1998年底全球Internet使用者已经突破1亿大关,我国的网民人数截止1999年6月底也已超过400万。21世纪是信息时代,同时,21世纪也是生命科学的世纪,那么,网络技术将在生命科学研究中发挥什么样的作用——这是身处世纪之交历史时刻的我国的每一位生物学科技和教育工作者都必须面对的重要抉择。

  目前,在中国四大互联网中,中国科技网(China Science and Technology Network,CSTNet)作为公益性网络,以其所拥有科学数据库、科技成果、科技管理、技术资料和文献情报等特有的科技信息资源,以及为中国科技教育界提供的网络接入与网络通信、科研与科技信息资源服务、科学数据库等各项服务,赢得了广大科技工作者的青睐。CSTNet拥有大量的生物学信息资源,其中最为出色站点的当属科学数据库(http://www.sdb.ac.cn//)。

  科学数据库是中国科学院几十个研究所历时十余载,共同建成的一个大型综合性科技信息服务系统,是中国科技网上重要的科技信息资源。该系统是国内迄今为止专业范围最广、数据库种类最多、数据量最大、综合性最强、集成度最高的一个科技信息系统,其中相当一部分数据资源是中国独有的。科学数据库现有包括生物学等学科在内的专业数据库115个,总数据量430GB;现有200GB的专业数据库和全部文献库可在网上向国内外用户提供服务。目前上网内容全部免费。

  科学数据库分为两大类:专业数据库和非专业数据库。在专业数据库中,生物学方面共有四个子库:

  在各子库中,又各具若干子子库 (各库内容见附表1——CSTNet上科学数据库中的生物学信息资源) 。库中数据可分为以下五大类:
  1. 生物多样性与保护,如中国珍稀濒危植物数据库、中国微生物菌种目录数据库、真菌物种编目数据库、中国动物编目数据库、中国濒危和保护动物数据库等;
  2. 应用性生物种质资源,如中国红花、油脂、蜜源、纤维植物数据库、革兰氏阴性杆菌编码鉴定数据库、经济真菌多媒体数据库等;
  3. 分子生物学,如国际核酸序列数据库等;
  4. 生物学信息管理,如中国植物分类名称与代码数据库、国际微生物性状编码数据库、中国脊椎动物分类代码数据库等;
  5. 生物学文献,如中国生物多样性书目数据库、中国生物多样性数据库索引、中国动物志信息、动物学期刊杂志等。

  数据库中的全部内容均来自中科院植物所、动物所、微生所和水生生物所,保证了信息的可靠性。而在非专业数据库中,又有科技专家、科技文献、科技书目等项目可供用户检索,能够广泛应用于课题调研、成果查新、项目研究等方面。

  当然,科研工作除了需要了解基础性信息之外,还要掌握最新的国内外学术动态, CSTNet同样可以为我们提供这方面的大量信息。在CSTNet上的“新闻快递”栏目下专门辟有“生命科学”(http://www.cnc.ac.cn/news/news03.html)专栏,可以提供最新的生物学动态。而在“科技期刊栏目”中,我们又能够联机查询并阅读国内的大部分生物学期刊(参见附2——CSTNet上的中文生物学杂志),包括各类学报、通报等。

  另外,我们还可以通过访问以下网址http://china.sciencemag.org/进入《科学在线》,免费访问美国《科学》周刊电子版、《科学此刻》、《科学后浪》等站点。在那里,我们可以更好地了解国际学术动态,开阔自己的眼界。 总之,数据库与网络技术的结合、学术期刊电子版的开发,以及国外高质量信息源的引进,将大大地加快生物学文献的检索速率,提高文献利用率,同时还能够启迪研究者的思路,并使使自身的研究工作始终建立在充分的数据基础和最新的学术成果之上。 此外,CSTNet上有大量的中科院下属的生物学研究机构网站,如:植物所http://www.ibcas.ac.cn/、动物所http://panda.ioz.ac.cn/、微生所http://www.im.ac.cn/、生物物理所http://%20<a%20href="http://%20">www.genetics.utah.edu/~yzhu/ibas/</a>、细胞所http://cell.ac.cn/、生物工程研究中心http://www.srcb.ac.cn/、水生生物所http://www.ihb.ac.cn/、海洋所http://www.%20qdio.ac.cn/等。

  通过访问这些站点,我们可以了解到它们的各方面情况,包括:机构设置,如研究室、国家重点实验室和开放实验室及支撑部门等、科研成果、科技专利、引文评价、会议文献、专题报告、国际合作项目、院士博导、研究生培养、挂靠单位,如学会、志书编委会、学术期刊编辑部等。特别值得一提的是上海生命科学研究中心的生命科学讨论组,可以想见:BBS讨论组技术的应用将使得科研、教育工作者彼此之间得到更为广泛、深入、及时和高效的交流与合作,而且,这种交流与合作的广泛性和深入性将是前所未有的,特别地,它极有可能促成生命科学与信息科学、生物工程产业与信息工程产业、科学技术研究发展—成果迅速全面地转化为生产力—科学普及等诸多领域的密切协作。很有可能,在不久的将来我国可能产生大量的大规模、正规化的生命科学—信息科学应用俱乐部之类的组织,生物学研究用专业软件将进入标准、完善和全面市场化的良性循环轨道。

  除了提供科研信息之外,CSTNet还提供了很多的科普站点,特别是今年10月25日开通的“中国科普博览”( http://www.kepu.com.cn/http://www.kepu.ac.cn/)网站最为优秀。该网站是基于科学数据库的信息资源开发出的网上虚拟科普信息站点,将建立“中国虚拟科普博物馆群”,从而形成中国最大的科普网站。其内容包括各个学科,融知识性和趣味性于一体,适合不同层次的访问者。目前已建成天文、植物、湖泊和水生生物4个学科。其中,以中国植物数据库(中国科学院植物研究所系统与进化植物学开放实验室承建)为基础建立的植物博物馆收编了大量有关中国植物的图象景观、知识以及趣闻,内容包括植物的分类与进化、植物与环境、植物欣赏、植物多样性保护和趣味植物等多个专题,通过几百幅高质量的精美图片系统地介绍了植物的基本知识、分类、进化、生态以及各种类型的植物,使访问者在欣赏花草树木的同时增长了知识,加深了对于我国丰富的植物资源的了解,增强了保护自然资源和人类生存环境的生态意识,培养了热爱大自然、热爱美丽祖国的高尚情操。植物博物馆以其特有的专业知识性和权威性焕发出强大的生命力,必将获得极高的访问频率,为网络生物学科普教育创造良好的开端和发挥强大的示范作用。

B.前景展望 事实上,CSTNet上蕴藏着取之不尽、用之不竭的生物学信息资源,为广大生物学工作者和生物学爱好者提供了无穷的素材。在网络上我们可以获取下列资源:

  1. 科研和教学工作的基础信息——从生物多样性、种质资源,直至分子生物学的必备软件,同时还可以进行文献查询检索及浏览,密切跟踪学术动态;

  2. 全面了解相关机构、人员和课题的情况,充分利用现有的专家、文献、实验室等各方面资源,积极开展课题合作与资源共享,从而达到资源的优化配制,避免重复建设和盲目立项;

  3. 进行远程生物学计算机辅助教学,大规模培养适应于不同专业领域的各层次生物学人才,为二十一世纪我国生命科学打下坚实基础。

另外,在网络上我们同样可以为他人提供服务,这包括:

  1. 介绍所在机构、团体以及有突出贡献的专家学者、杰出人才,反映自身优势和研究方向,从而达到全方位的宣传和联系相关者的目的;

  2.良好的国际化网络性生物学信息资源将成为外国同行了解中国生命科学发展态势的最好窗口。可以预见,在下一个世纪,随着生命科学在我国的蓬勃发展,特别是生物多样性研究的广泛开展和深入,以及分子生物学和细胞生物学对于相关学科的渗透,生命科学成果的进一步市场化、产业化,基础研究同产品投入市场之间的周期大幅度缩短,国内国际对于中国的网上生物学资源的需求将更为强烈,但是,当前的实际情况却不尽如人意,比如,中国教育科研网(Chinese Education and Research Network,CERNet)上相关站点的生物学资源就远不及 CSTNet,当然这与有关站点起步较晚、资金投入不够等限制因素有关。可以想见,一旦这些潜在资源得到充分的开发和利用,将会产生多么大的学术成果,发挥多么大的社会效益、经济效益。因此,尽快弥补这一空白,抓住任何可以利用的机遇,将成为今后生命科学教育改革工作的重要方面。处在新的一个千年这样的历史时刻,中国的每一位生物学工作者都需要加强数字化生存意识、全面掌握网络技术、充分利用和开发网络资源——这将是我们责无旁贷的历史使命!

附:CSTNet上科学数据库中的生物学信息资源

  • 中国植物数据库(中国植物物种资源http://www.sdb.ac.cn/plant/
  • 中国红花植物数据库 红花是著名的药用植物和新开发的优良油料作物。中国科学院北京植物园红花研究组在11年内做了一些红花品种、种质资源的调查、搜集、整理、分析工作,该库便是在此基础上建立起来的,“红花植物数据库”共有记录2461条,包含有登记资料、搜集资料、评价资料、植株资料及抗逆性等112个指标的数据。
  • 中国油脂植物数据库 “中国油脂植物数据库”是根据《中国油脂植物》等专著,重点记录了我国108科397属 814种油脂植物的产地、果成熟期、种子或果实的含油量、油脂理化性质及脂肪酸组成等指标的数据
  • 中国蜜源植物数据库 共收录了935种重要的蜜源植物,包括花期、蜜量、粉量及分布等指标的数据
  • 中国纤维植物(棉类)数据库 根据中国农业科学院棉花研究所主编的《中国棉花品种志》 而建立的。共计318 条记录,共分为为陆地棉、海岛棉、亚洲棉、非洲棉和其他棉种五大类。
  • 中国珍稀濒危植物数据库 根据《中国珍稀濒危保护植物名录》、《中国植物红皮书》选择确定了我国的392 种珍稀濒危植物,包括蕨类植物13种、裸子植物71种、被子植物308 种。每种植物记录有学名、中文名、所划类别、保护级别、现状、地理分布、生态特征、经济价值、科研价值、保护措施和栽培要求等
  • 中国植物分类名称与代码数据库 “中国植物分类与代码”国家标准的制订是实现植物信息管理科学化、现代化的基础性工作,它将对植物信息的存储、交换和处理,以及植物分类名称的使用带来方便,对我国植物资源的开发、利用、管理和信息交流创造有利条件,因而在与植物有关的科学研究和生产实践中具有重大意义。该库便是在此国家标准的基础上建立的,它包括中国植物425科,3909属,28851种。
  • 中国微生物物种资源 http://www.sdb.ac.cn/microorganis/
  • 中国微生物菌种目录数据库 我国迄今为止第一个统一数据结构的国家级菌种保藏数据库。出版了我国第一本英文版《中国菌种目录》。该数据库中包含有细菌、真菌、放线菌、病毒等微生物的数据,且每一条记录都对应着一株活着的菌株 革兰氏阴性杆菌编码鉴定数据库 根据国内临床上常见的革兰氏阴性杆菌感染类型和我国医疗、预防工作部门的实际情况,引进和吸收了国外的先进细菌鉴定系统经验,建立了“医学革兰氏阴性杆菌编码鉴定法”,自推广使用以来,效益良好,深受好评 细菌名称数据库 共收集包括蓝细菌、古细菌和放线菌在内的细菌名称 18000余条,其中被细菌国际命名委员会所承认的细菌名称还给予了特别标记。
  • 物种编目数据库 数据主要来自于中国真菌学创始人、微生物研究所所长戴芳澜教授的巨著《中国真菌总汇》,收集了约6800个真菌物种的有关信息。
  • 经济真菌多媒体数据库 每一个真菌物种, 都包括拉丁学名、同物异名、中文译名、中文别名、分类地位、形态特征、生态习性、分布地区、经济用途、黑白线描图和彩色照片。涉及食用真菌、药用真菌、有毒真菌、木腐菌、外生菌根菌、分解纤维素、木质素以及中药方等 西藏大型经济真菌数据库 收集了西藏地区的大型经济真菌45科、175属、588种。
  • 国际核酸序列数据库 DDBJ/EMBL/GENBANK(基因库) 目前收纳了全世界包括人类、动物、植物、微生物在内的275万条序列,总数据量已经超过了7GB(1998年12月份统计)。该数据库由美国、欧洲和日本共同建立,每天汇集和更新全世界最新测定的核酸序列信息。是目前国际上最大、更新频度最快(每天更新)、也是最权威的核酸序列数据库。
  • 国际微生物性状编码数据库 为了更好的进行微生物性状数据库的建立和促进微生物性状的国际共享,美国著名微生物学家 Rogosa、Krichevsky和Colwell三人创建了微生物性状代码系统,简称RKC代码系统,并建立了这一数据库。本数据库将所有的微生物性状按照类型的不同分成38个节,并对每一个性状都给予了一个唯一不变的编码。
  • 国际微生物菌种数据网络MSDN中国国家节点 国际微生物菌种数据网络MSDN是在微生物领域中从事计算机应用的著名国际组织。它在长期的数据活动中积累了大量有价值的微生物学信息资源,其中包括世界上许多著名菌种保藏机构的菌种目录,可以提供信息检索服务。
  • 中国动物物种和多样性数据库 http://www.sdb.ac.cn/animal/
  • 中国脊椎动物分类代码 中华人民共和国国家标准 GB/T 15628.1-1995,中国动物分类代码 ——脊椎动物(Taxonomic Codes of the Chinese fauna - Vertebrates) 1995年6月21日由国家技术监督局发布,1996年2月1日实施
  • 中国动物编目数据库 收录了一万余种(亚种)动物的基本信息。包括动物的分类阶元、分类编号、原始文献、模式产地、同物异名、俗名、英文名、生境、海拔、分布范围等。可以根据动物的分类阶元,如目名、科名、种名等,查询动物的信息, 还可以通过动物的分类代码查询,也可以通过动物的分布区查询。
  • 中国濒危和保护动物数据库 收录了六百余种(亚种)濒危和保护动物的基本信息。包括了我国濒危和保护动物的物种代码,物种名,拉丁学名, 俗名,商品名,英文名,CITES等级,IUCN等级,红皮书濒危等级,国家保 护动物名录等级,致危原因,保护措施,注释,图片等数据。可以根据动物的中英文名称(关键词)查询动物的信息,也可以通过 动物的保护等级与动物的名称组合查询。
  • 中国生物多样性书目数据库 收集了截止到1996年国内出版的与生物多样性保护和持续利用有关的大部分专著的目录。
  • 中国生物多样性数据库索引 收集了截止到1996年国内八个部委及其下属单位建立的与生物多样性保护和持续利用有关的大部分数据库系统的信息。
  • 中国动物志信息 动物学期刊杂志。